البته مرحوم نخودکی در بعضی نامه‌ها و درخواست‌ها به کلی اظهار بی‌اطلاعی و عدم توانایی می‌کرد و حتی در بعضی نامه‌ها با بیان صریح می‌نوشت: «هر کاری راهی دارد و باید از طریق عادی و طبیعی خود انجام شود و خلاف عادت درست نیست. ائمه ما که صدر اعظم در خانه خدا می‌باشند چنین کاری نکردند تا چه جای دیگران، گاهی از باب معجزه یا کرامت کاری می‌کردند ولی می‌گویند با یک گل بهار نمی‌آید، عموما هرگز اینگونه رفتار نمی‌کردند.» (نشان از بی‌نشان‌ها، ص 150) او همچنین گفته است: «چون فقها عنوان می‌دارند که اگر کسی در بلدی بود که مجتهد نداشت و دست او به مجتهد نمی‌رسید اما یک نفر بود که بتواند جامع عباسی شیخ‌بهایی یا حدیقه مجلسی را درس بگوید و توضیح دهد، تکلیف مردم آن است که تا وقتی که به مجتهدی برسند مسائل را از او اخذ کنند. حقیر به این عنوان گاهی دوستان را که طالب راه خدا می‌بینم... مطالبی که از بزرگان شنیده‌ام به آنها می‌گویم.» (همان، ج1، ص 134)
آیت‌الله مرتضی مطهری نیز به تمجید از مرحوم نخودکی می‌پرداخت و تحت تاثیر همین نقل کرامات، گفته بود: «لابد کم و بیش اسمش را شنیده‌اید و در اینکه او کارهاى خارقالعاده زیاد داشته من خیال نمىکنم اصلا بشود تردید کرد. همین آقاى آیت‌الله خوانسارى حاضر براى من از خود حاج شیخ‌حسنعلى بلاواسطه نقل کردند؛ مىگفتند وقتى که مرحوم حاج شیخ‌حسنعلى در نجف بود وارد ریاضت‌هاى زیادى بود و گاهى حرف‌هایى مىزد که شاید براى او گفتنش جایز بود ولى براى ما شنیدنش جایز نبود یعنى ما پرهیز داشتیم بشنویم. گاهى مىگفت من در حرم، فلان آقا (از اشخاص بزرگ) را به صورت... مى بینم.» (مجموعه آثار استاد مطهری، ج4، ص 419)
اظهار ارادت و نزدیکی علما به شیخ‌حسنعلی نخودکی محدود به همین چند عالم نامبرده نمی‌شود. آیت‌الله‌العظمی بروجردی یکی از علمایی است که رابطه بسیار نزدیکی با مرحوم نخودکی داشت و انس زیادی به ایشان پیدا کرده بود. (مجله حوزه، فروردین و اردیبهشت 1370، مقاله بروجردی در بروجرد) مرحوم نخودکی نیز بنا به گفته آیت‌الله محسنی ملایری از مقلدان آقای بروجردی بوده است: «ایشان سال‌ها قبل از رحلت مرحوم آیت‌الله اصفهانی مقلد مرحوم آیت‌الله بروجردی بود واظهار می‌داشت من از راه علوم غریبه کشف کرده‌ام که ایشان اعلم است.» (همان)
از دیگر علمای ارادتمند به مرحوم نخودکی آیت‌الله العظمی خوئی بود. از سوی دیگر، آیت‌الله العظمی سیدموسی شبیری زنجانی در خاطره‌ای از آیت‌الله العظمی بهجت در این باره می‌گوید: «آقای بهجت نقل می‌کردند زمانی که آقا شیخ‌محمود حلی به نجف آمدند ما برای دیدن ایشان خدمتشان رسیدیم و ایشان نیز برای بازدید به خانه ما آمدند، وقتی آیت‌الله خوئی شنیدند که آقا شیخ‌محمود به منزل ما می‌آیند برای دیدار ایشان تشریف آوردند تا به اصطلاح دید دیگری (از نظر معنوی) به ایشان کنند... آقای خوئی فرمودند: من دلم می‌خواست مقداری از آقا حسنعلی نخودکی اصفهانی تعریف کنید، تا وقتی ما می‌خواهیم برای اثبات عالم ماورا دلیل بیاوریم، تنها از آیات و روایات استفاده نکنیم بلکه از حالات یک شخص هم در این مورد استفاده کنیم. آقا شیخ‌محمود فرمودند: آقا شیخ‌حسنعلی مختصرات داشت (یعنی مختصری از مطالب و عوالم را داشتند)، و اگر شما به همین کارتان (تربیت طلاب) توجه کنید بیشتر می‌توانید به اسلام خدمت کنید، تازه آقا شیخ‌حسنعلی مرید یکی از شماها بود که آقای بهجت می‌فرمودند: منظورشان آقای بروجردی بود.» درحالی شیخ‌محمود حلی گفته بود آقا شیخ‌حسنعلی مختصری از مطالب و عوالم داشته است که مرحوم نخودکی اساسا همین مختصر را برای شخص دیگری قائل نیست و در نامه‌ای می‌نویسد: «کسی باقی نمانده که یک کلمه از شرایط سلوک را بداند...
بنده امروزه می‌بینم که طریق مسدود است» (نشان از بی‌نشان‌ها، ج1، ص 144) و این در صورتی است که در زمان حیات ایشان علمایی چون آیت‌الله قاضی، مشهور به سیر و سلوک و تدریس اخلاق و عرفان بوده‌اند. حاج شیخ‌حسنعلی نخودکی در عقاید شیعی خود بسیار راسخ بود و بسیار به آن اهمیت می‌داد. تنها مذهب شیعه را قبول داشت و می‌گفت: «غیر از شیعه سایر فرق اسلامی کتاب خدا را پشت سر انداخته‌اند» (همان، ج1، ص 182) انجام احکام را بدون قبول داشتن ولایت ائمه بی‌فایده می‌دانست و می‌نوشت: «اشتغال مجرد به نماز و روزه و ظواهر شریعت‌محمدی(ص) وقتی همراه با تمسک به ولایت امیرالمومنین(ع) نباشد، نفعی برای انسان نخواهد داشت، مانند اهل سنت که از درک ولایت بی‌بهره‌اند» (همان، ص 201) و اشاعره را مشرک می‌دانست. (همان، ص 183)
وی بسیار به شرع پایبند بود و می‌گفت: «طریقه حقیر طریقتی است که تمام مطالب شرع را نهایت اهتمام دارد، خلاف باقی طرق که به مطالب شرعیه خیلی بی‌اعتنا هستند.» (همان، ص 141) و در جای دیگر گفته بود: «حقیقت را باید از شریعت تحصیل نمود. حقیر طالب این مقام و سالک این راه بوده و بستگان حقیر را نیز اعلام کنید که حقیقت را که ما در طلب آن هستیم باید از همین شریعت تحصیل کنیم نه از جای دیگر به همان نحو که ائمه (ع) رفتار نموده و مشایخ ما تحصیل کرده‌اند.» (همان، ص 145) و این پایبندی به احکام و شرع را می‌توان در جای جای سخنان و نوشته‌های ایشان دید. با این حال «ورالدین مدرسی چاردهی» در کتاب «سلسله‌های صوفیه ایران» حاج شیخ‌حسنعلی نخودکی را قطب سلسله «چشتیه» از فرق صوفیه معرفی میکند (سلسله‌های صوفیه ایران، ص 182) که با توجه به سخنان و نوشته‌های مرحوم نخودکی و الزام ایشان بر تقلید از مراجع، همچنین ارادت و انس مراجع و علمای بزرگ شیعی به ایشان و تعاریف آنان از ایشان، این ادعا نادرست جلوه میکند.
حاج شیخ‌حسنعلی نخودکی اصفهانی در 17شعبان1361 قمری مطابق با هفتم شهریور 1321 شمسی در 79 سالگی در مشهد دار فانی را وداع گفت و جنازه‌اش در میان انبوه جمعیت تشییع شد و طبق وصیتش در صحن عتیق حرم امام‌رضا(ع) دفن شد که از شاگردان ایشان می‌توان به آقایان حسنعلی مروارید، عباس قمی، محمود حلبی، محمد‌باقر ملکی میانجی، حسن مصطفوی، سید عبدالعلی موسوی سبزواری و... اشاره کرد.
